II Mehmet'in halefleri tahta çıkar çıkmaz kardeşleri infaz ederek imparatorluğun istikrarını koruma tavsiyesine genelde uymuşlardır. Acımasız bir yöntemdi ama işe yarardı. Sonraki iki yüzyıl boyunca Osmanlı İmparatorluğu çağdaşlarıyla karşılaştırıldığında son derece istikrarlı ve iç çatışma ve iç savaştan uzak yaşadı. Sistem işe yarasa da her saltanatın başlangıcında masum soylu kardeşlerin yok edilmesi birçok vicdanı rahatsız etti. Bu korku Sultan III. Mehmet'in (yö. 1595 – 1603) bazıları henüz çocuk olan 19. kardeşini öldürmesiyle zirve yaptı. Ertesi gün saraydan çıkarılan çocuk tabutlar uzun bir hat oluşturdu.
Sağır ve dilsizler
Antik kilise Ayasofya binanın ikinci kez camiye dönüştürülmesiyle basında geniş yer buldu. Ancak çoğu kişinin bilmediği şey ünlü binanın hemen yanında benzersiz bir gizli hikaye olduğudur. Bir mezar odasında yan yana gömülü olan 19 Osmanlı şehzadesinin hepsi aynı akşam tek erkek kardeşi tarafından öldürülür.
Osmanlı şehzadelerinin katliamı 15. ve 16. yüzyıllarda Topkapı Sarayı tarihinin en karanlık ve en kanlı günü olarak bilinen 28 Ocak 1595'te gerçekleşti. 1595 yılına kadar Osmanlı İmparatorluğu'nu III. Murat yönetti ve Orta Doğu'da en geniş topraklarına ulaştı.
Mehmet 15 Ocak 1595'te padişah oldu. III. Mehmet, babası III. Murad'ın ardından başa geldi ve tahta çıktıktan birkaç gece sonra 19 kardeşini birden öldürdü. Daha önce tarihte hiç bu kadar fazla soylu bir gecede idam edilmemişti. Padişah, görevi yerine getirmek için sağır-dilsiz hizmetkarlar kullandı, böylece tanıklık edemediler. Suikastlar, soylu kanı akmasın diye iple boğularak yapılmıştır.
Bu tür kardeş katli Osmanlı İmparatorluğu'nda oldukça yaygındı. Ancak bu infaz halkı korkuttu. Ne daha önce ne de o zamandan beri bu kadar çok Osmanlı asilzadesi ailelerinden biri tarafından aynı gecede öldürülmemişti.
Kardeş katli, Osmanlı İmparatorluğu'nun kuruluşunda yasal bir uygulama değildi. Kardeş öldürme II. Mehmet tarafından yasallaştırıldı. Yasa kardeşleri Süleyman, İsa ve Musa'ya karşı verdiği uzun bir iç savaşın ardından geldi. İç savaş 8 yıl sürdü ve imparatorluğu zayıflattı.
III. Mehmet'e göre idam edilip başını kaybetmektense iple boğdurulmak bir onurdu. Yine de genç şehzadelere yeterli bir teselli olmayacağı açıktı. 19. şehzade Ayasofya'ya yakın bir yerde yan yana defnedildiler. Mezar odaları bugün hala ziyaret edilebilir.
Kardeş katlinden vazgeçmek
19 şehzadenin aynı gün öldürülmesinden sonra kardeş katli geleneğine karşı tepki başladı ve yerini yeni bir gelenek aldı. IV. Murat (yö. 1623 – 1640) ile yeni Osmanlı padişahları tahta çıktıklarında kardeşlerini öldürtmek yerine onları kilit altına aldılar. Tahta çıkması muhtemel şehzadeler Kafes denilen ve muhafızlar tarafından gözetlenen ev hapsi sistemine alındı. Kafesler haremlerin ıssız bir bölümüne kuruldu. Şehzadeler padişaha entrika ve komplo kurmaması için dış dünyadan koparıldı. Kafes'te hayat zordu. Hala yaşıyor olmaları bağışlanma gibi görünse de çoğu zaman ölmeyi tercih ettiler.