Mağaranın keşfi 1950 yılına, iki genç kardeşin bir mağaranın duvarlarına kazınmış antik metinlerle ilgili hikayelerden etkilenerek bu yeri aramaya karar vermesine dayanıyor. Kısa bir keşiften sonra, Maruyama adlı bir tepenin yamacında, adını en yakın köyün eski adından alan Fugoppe Mağarası'nı buldular.
Mağaraya girdiklerinde eski çanak çömlek ve aletler buldular, ancak asıl dikkatlerini çeken şey taş duvarları kaplayan yüzlerce oyma çizimdi.
Bulgunun rapor edilmesinin ardından arkeologlardan oluşan ekipler 1951 ve 1953 yıllarında resmi kazılar gerçekleştirerek çanak çömlek, ok uçları ve oyulmuş kemikler gibi Geç Jōmon dönemine (M.Ö. 1000-500) ait eserleri ortaya çıkardı. Ancak en etkileyici keşif, batı, kuzey ve güney duvarlarına oyulmuş, insan figürleri, hayvanlar, tekneler ve yorumu hala tartışılan soyut sembolleri tasvir eden 800'den fazla petroglifti.
Uzmanlar mağara resimlerinin şamanik ya da dini bir anlam taşıdığına inanıyor. Bu resimler milattan önceki son yüzyıllara, Jōmon kültürüne tarihlenmektedir. Kesin amaçları bilinmemekle birlikte, arkeologlar bunların doğurganlık, avlanma veya atalara tapınma ile ilgili ruhani ritüellerin bir parçası olduğunu tahmin ediyor.
Bu bölgeyi benzersiz kılan şey, Fugoppe Mağarası'nın tüm Japonya'da mağaralardaki petrogliflerin korunduğu sadece iki yerden biri olması, diğeri ise Otaru kentindeki Temiya Mağarası. Bu durum, Avrupa ve dünyanın diğer bölgelerindeki mağaralarda bulunan mağara resimleri ve gravürlerin bolluğuyla tezat oluşturmaktadır.
Japonya'da bu tür sanatın olağanüstü nadirliği, muhtemelen yapılmış olan birkaç resmin binlerce yıl içinde nem ve erozyonla silinerek yok olmasından kaynaklanmaktadır. Fugoppe'dekiler ise kuru mağaranın içinde korunarak günümüze ulaşmıştır.
Bir başka teori de Japonya'nın Jōmon halkının, diğer yerlerin tarih öncesi sakinlerinin aksine, yaygın olarak mağara sanatı yaratmadığıdır. Fugoppe resimleri, muhtemelen Asya kıtasından deniz yoluyla gelen dış etkiler nedeniyle bir istisna olabilir.
Aslında arkeologlar, petrogliflerde bugün Rusya topraklarında bulunan Amur kültürüne ait kaya sanatı ile benzerlikler gördüklerini, bunun da eski zamanlarda bu bölgeler arasında alışveriş ya da göçler olduğunu düşündürdüğünü belirtiyor.
Mağaranın kendisi küçük, sadece yaklaşık 5 metre genişliğinde ve 6 metre derinliğinde, maksimum yüksekliği ise 7 metre. Bununla birlikte, içinde taş, kemik ve boynuz aletlerin yanı sıra deniz kabukları ve kehanet kemiklerinin bulunduğu yaklaşık 7 metre derinliğinde kalın bir arkeolojik katman içermesi, mağaranın uzun bir süre boyunca sürekli olarak kullanıldığını göstermektedir.
Bazı araştırmacılar Fugoppe Mağarası'ndaki oymaların (Temiya'dakiler gibi), 1886 yılında adada keşfedilen ve Hokkaido Karakterleri olarak adlandırılan eski bir yazı sisteminin parçası olduğuna inanmaktadır. Japon Keşif Derneği, Fugoppe'nin kuzey duvarındaki yazıtların iishishirai ("burada yenilebilir hayvanlar yaşıyor") ve kawasakanahakitsu ("burada tatlı su balıkları geliyor") olarak okunabileceğini iddia etmektedir.
Fugoppe Mağarası 1953 yılında Ulusal Hazine ilan edilmiştir, ancak ünü Japonya'nın ötesine uzanmaktadır. Japonya'nın erken dönem kültürleri ile Asya'nın geri kalanı arasındaki bağlantılar hakkında ilginç sorular ortaya çıkaran bu küçük mağara, araştırmacılar için hala sürprizler yaratabilecek paha biçilmez bir arkeolojik hazineye sahiptir.
1972'den bu yana gravürler, bozulma riski olmadan takdir edilmelerini sağlayan küçük bir yapı içinde camın arkasında korunarak yerinde sergilenmektedir. Fotoğraf çekimine izin verilmemektedir. En ilginç motiflerden biri olan kanatlı adam, Hokkaido'da ünlü bir kültürel simge haline gelmiş, her türlü ticari üründe yer almış ve hatta bir oyunda başrol oynamıştır.