Papa IX. Benedict dünyanın en genç papası olarak hatırlanır; papalığının üç dönemindeki liderliği ekşi bir tat bırakmıştır ve günümüz tarihçileri tarafından hala Benedict papa soyunun bir onursuzluğu olarak görülmektedir. Onun hükümdarlığı boyunca (10. yüzyıl) her ulusa hükmetmek için kullanılan siyasi sistemin din olduğunu belirtmek önemlidir. Bu da Roma'nın on yıldan fazla bir süre boyunca sadece savaştan zevk alan bir çocuk tarafından yönetildiği anlamına geliyordu. Papa olarak ilk görevine 12 yaşında mı yoksa 20 yaşında mı başladığını doğrulayacak güçlü kanıtlar olmadığı için tarihçiler arasında büyük tartışmalar vardır, ancak çoğu tarihçi bunun 12 yaşında olduğu konusunda hemfikirdir.
IX. Benedict'in ilk dönemi (1032-1044)
985-1047 yılları arasında yaşamış bir keşiş ve tarihçi olan Rodulfus Glaber, IX. Benedikt'e en yakın kaynaktır. Tarihsel çalışmasında, IX. Benedict'in 1032'de Papa olarak ilk görevine başladığında sadece 12 yaşında olduğunu savunur. Tarihçi F. Donald Logan (Ortaçağ çalışmaları uzmanı) güçlü kanıtlar olmamasına rağmen Glaber'in iddiasını desteklemektedir. Ancak "A History of the Church in the Middle Ages" (Ortaçağ'da Kilise Tarihi) adlı kitabında ikna edici bir iddiada bulunmaktadır.
IX. Benedict'in ne zaman doğduğu kesin olarak bilinmemekle birlikte, papalığa başladığı zamanki yaşına dayanarak bazı tarihçiler onun 1020 civarında doğduğunu düşünmektedir. Kendisine çok erken bir zamanda çok fazla yetki verildiğinden, emrindeki en büyük ordulardan biriyle umursamaz bir güç haline geldi. Gençliğindeki coşkun ruh hali birçok ölüm ve zina olayına yol açtı. Sorumsuz davranışları nedeniyle 1036 yılında Roma'dan sürgün edildi, ancak İmparator II. Conrad geri dönmesine yardım etti.
İlk papalığı 1044 yılında sona erdi. Dönemin tarihi kayıtlarına göre IX. Benedict, 1040 ve 1044 yılları arasında cinayet, işkence ve yağma gibi iğrenç suçlar işlemiştir. Eylül 1044'te Roma halkı onun yozlaşmış liderliğinden bıkmış ve onu Roma'dan kovmuştur. Günümüzün bazı tarihçileri onun muhalif bir siyasi parti tarafından tahttan indirildiğini iddia etmektedir.
IX. Benedict'in ikinci dönemi (1045)
Sabina'dan gelen III. Sylvester adlı bir piskopos Mart 1045'te Papa oldu. IX. Benedict'in, III. Sylvester tarafından görevden alındıktan sonra yönetimini yeniden tesis etmesi yalnızca iki ay sürdü. Nisan 1045'te ikinci ve kısa süreli papalığına başladı. Yaşının 22 olması onun büyüdüğünü göstermektedir; yine de, ikinci görev süresi boyunca verdiği zarardan da görüldüğü gibi, dürüst olmayan doğası en ufak bir değişikliğe uğramamıştır.
IX. Benedict, tahttan çekildiğine kesin gözüyle bakılmadan önce yaklaşık iki ay boyunca yeniden papa olarak görev yaptı. Genellikle vaftiz babası başpiskopos John Gratian'ın, Gratian lehine papalıktan feragat etmesi için kendisine büyük miktarda para ödediğine inanılır. Bazı anlatılar IX. Benedict'in papalığı ailesinden korktuğu için kabul ettiğini söylerken, bazıları da makamın ağırlığından korkmasına rağmen rolü isteyerek kabul ettiğini iddia eder.
Diğer modern tarihçiler ise IX. Benedict'in kuzeniyle evlenmeyi çok istediğini ancak papa olması nedeniyle bunun engellendiğini iddia etmektedir. Kuzeniyle evlenme arzusu nedeniyle Papalık görevinden istifa etmiştir. Ancak buna dair somut bir kanıt yoktur. Gratian 1045 yılının Haziran ayında papalığa yükseltildi. VI. Gregory unvanıyla Papa oldu ve saltanatı Sylvester'inkiyle ( IX. Benedict'in ikinci döneminden önceki papa) aynı uzunluktaydı.
Bu arada, Almanya ve Burgonya (günümüzde yaklaşık olarak güneydoğu Fransa'ya denk gelen bir bölge) kralı III. Henry tüm bu meseleye müdahale etti. Roma'dan biraz uzakta, Sutri köyünde Papalar VI. Gregory, IX. Benedict ve III. Sylvester ile bir araya geldi. Üçü de Henry'lerinin anlaşmazlığı çözmesini umuyordu, böylece bir papa Kilise'nin çoğunluğunun desteğiyle onu resmen Kutsal Roma İmparatoru olarak ilan edebilecekti.
İmparator II. Conrad'ın öldüğü 1039 yılından beri Kutsal Roma İmparatorluğu 6 yıldır hükümdarsız kalmıştı. Henry'nin ilk papa seçimi reddedilince, günah çıkarttığı papaz ve Bamberg piskoposu Suidger adında bir adam 1046 yılında Papa II. Clement oldu. Clement kısa sürede III. Henry'yi Kutsal Roma İmparatoru ilan etti; Henry o kadar kötü bir hükümdardı ki Kutsal Roma İmparatorluğu ölümünden sonra 30 yıl boyunca parçalanmış bir halde kaldı.
Bu arada, Almanya ve Burgonya (günümüzde yaklaşık olarak güneydoğu Fransa'ya denk gelen bir bölge) kralı III. Henry tüm bu meseleye müdahale etti. Roma'dan biraz uzakta, Sutri köyünde Papalar VI. Gregory, IX. Benedict ve III. Sylvester ile bir araya geldi. Üçü de Henry'lerinin anlaşmazlığı çözmesini umuyordu, böylece bir papa Kilise'nin çoğunluğunun desteğiyle onu resmen Kutsal Roma İmparatoru olarak ilan edebilecekti.
Kutsal Roma İmparatorluğu, II. Conrad'ın 1039'da ölümünden bu yana altı yıl imparatorsuz kalmıştı. Henry'nin papa olarak seçtiği ilk kişi bu görevi reddetti, ama o bunun yerine daha sonra 1046'da Papa II. Clement olacak olan günah çıkarma papazı ve Bamberg piskoposu Suidger'i seçti. Ölümünden sonra Kutsal Roma İmparatorluğu'nun 30 yıl boyunca paramparça kalmasına neden olacak kadar kötü bir imparator olan III. Henry, Clement tarafından hızla Kutsal Roma İmparatoru olarak seçildi.
IX. Benedict'in üçüncü papalık dönemi (1047-1048)
II. Clement ne yazık ki uzun ömürlü olamadı ve 1047 yılının Kasım ayında öldü. IX. Benedict bu anı değerlendirdi ve papa olarak üçüncü ve son dönemine başlamak üzere Roma'ya döndü. Çağdaş tarihçilere göre, evlenmek istediği kuzeni onu geri çevirmişti. Son dönemi, İmparator III. Henry onu Papa II. Damasus adında bir papa adayı yapmak üzere uzaklaştırana kadar 8 ay sürdü. II. Damasus sadece 21 gün sonra öldü ve bu tarihteki en kısa papalık dönemlerinden biri oldu.
Benedict IX dördüncü kez Papa olmak istemedi. Henry Roma'ya döndü ve IX. Leo'yu Papa olarak atadı. Altı yıl boyunca hüküm süren Leo, papalığa istikrar getirdi. Benedict'in Papa olarak görev süresi Katolik Kilisesi'ni derinden değiştirdi. Papa olarak sergilediği iddia edilen acımasız ve aldatmaya yönelik tavırları, Katolik Kilisesi'nin Papa olarak kimi seçtikleri konusunda daha bilinçli olmasını sağladı. Tarihçi F. Donald Logan'ın bulgularına göre, Benedict IX 1056 yılında bir keşiş olarak ölmüştür.
